Roman Novotný je flétnistou České filharmonie, zakladatelem souboru Afflatus Quintet a pedagogem Pražské konzervatoře. Základní uměleckou školu v Pardubicích-Polabinách navštěvoval v letech 1980 až 1982 ve třídě profesora Jaromíra Höniga, u kterého v následujících šesti letech pokračoval ve studiu na pardubické Konzervatoři.

Následovala Akademii múzických umění v Praze u prof. Jiřího Válka a konkurz do České filharmonie, tehdy pod vedením šéfdirigenta Václava Neumanna V té době již na sebe upozornil úspěchy v tuzemských i mezinárodních soutěžích. Sólově vystoupil s řadou těles, včetně Symfonického orchestru hl. m. Prahy FOK, Symfonického orchestru Českého rozhlasu, Slovenské filharmonie, Plzeňské filharmonie, Capela Istropolitana nebo Komorní filharmonie Pardubice. Vystoupil sólově rovněž v Německu, Hong-Kongu i v tokijské Suntory Hall, kde se představil jako sólista v Mozartových koncertech za doprovodu Pražského komorního orchestru.

V roce 1995 založil soubor Afflatus Quintet, který o dva roky později získal 1. cenu v  mezinárodní soutěži ARD v Mnichově a zařadil se mezi špičková komorní tělesa evropské úrovně. V roce 2015 oslavil ansámbl 20. výročí svého působení koncerty v Rudolfinu a na festivalu Pražské jaro, natáčených Českou televizí. Vystoupil na prestižních pódiích tuzemska, Evropy, Japonska i Austrálie. V roce 1998 obdržel hlavní cenu Českého spolku pro komorní hudbu a v roce 2003 mu bylo stejné ocenění uděleno opakovaně. V sezoně 2011/12 byl ansámbl rezidenčním souborem ČSKH.  Afflatus Quintet má na svém kontě osm CD pro Supraphon a japonskou společnost Octavia Records. Nahrávky souboru získaly nejvyšší hodnocení hudební kritiky.

Na festivalu Pražské jaro 2012 uvedl Roman Novotný společně s Komorní filharmonií Pardubice v premiéře Koncert pro flétnu a orchestr „Dopis otci“ skladatele Lukáše Sommera. Byl členem mezinárodní poroty flétnové soutěže Pražské jaro 2015.   Posledním CD projektem je komplet Sonát Františka Bendy ve spolupráci s Janou Bouškovou a Alešem Bártou.

Hraje na japonský nástroj Muramatsu a od roku 2000 pedagogicky působí na Pražské konzervatoři.